Sobre el SAS te dire que si decides anularlo no lo desactives solo con el tuneecu, se queda abierto y te causará petardeos.... Las SMT creo que salieron ya a partir del motor 2009 si es así el unico efecto que consigues quitandolo fisicamente es ganar espacio alrededor del motor. En su funcionamiento en el motor 2009 y posteriores solo abre y deja entrar aire al cerrar el gas, el resto del tiempo esta siempre cerrado, en los motores anteriores funcionaba distinto. Asi que en cuanto a comportamiento del motor no vas a notar nada quitandolo.
Las mariposas secundarias si se notan, bajate el tuneecu y mirate un poco el programa antes de hacer nada, carga un mapa, si tu motor es 2009 o posterior busca los ultimos mapas que esten disponibles, en las ADV se hicieron cambios en los mapas 2011 los posteriores son iguales. No he curioseado en los de SMT pero es facil buscar diferencias el tuneecu tiene una funcion de comparar mapas, cargas dos versiones y dando a una tecla cambia entre mapas y puedes ver si los valores de las casillas cambian o son iguales. Las mariposas secundarias tienen una pestaña especifica, puedes poner todos los valores al 100% así estarán siempre abiertas y el tacto del gas es mas directo, lo bueno es que si no te gusta puedes volver al estado original muy fácilmente.... Si las quitas físicamente para volver a montarlas tienes que comprar los tornillos ya que se 'rompen' al sacarlos...
Entiendo que el cambiar el mapping es porque has cambiado escapes..... si llevas los originales no tiene sentido hacer nada de esto.