Buenas
yo revisaria primero todos los pasos hechos para cambiar el filtro, por si has dejado algo desconectado o diferente a como estaba. Asegurate que queda bien cerrada la caja del filtro. El hecho puro de cambiar de filtro no deberia afectarle, yo hice el cambio inverso, me venia con un K&N y le puse uno de papel OEM y no he notado ningun cambio.
Si todo esta correcto iria a testear la bateria. Aunque lo de que se ponga a 4.000 vueltas, no se, puede que algún sensor que no esta midiendo como debería?